Battu par Megaman et l'erreur de sa voie démontrée, le Dr. Wily renonce au mal et aide le Dr. Light à développer l'énorme robot " Gamma ". Mais tout ne se passe pas bien : un jour, les robots dans huit planètes minières deviennent dingues ! Megaman se met en route avec Rush à ses côtés pour découvrir la raison de cet crise interplanétaire !